De decaan begeleidt leerlingen bij de keuze van de afdeling, havo of vwo, het profiel en de vervolgopleiding. Het Isala heeft twee decanen. Dhr. J. Verbeek is decaan van de Havobovenbouw en Havo 3a, 3b, 3c, en 3d ; Dhr. H van der Molen is decaan van de Vwo-bovenbouw en klassen VWO 3a, 3b en G3A.